Die Regionalversammlung setzt zur Vorbereitung ihrer Geschäfte Kommissionen ein. Die Kommissionen fungieren als Meinungsbildungs- und fachliche Begleitgremien für Arbeiten im jeweiligen Politikbereich.
Die Regionalkonferenz Oberland-Ost verfügt derzeit über Kommissionen zu folgenden Themen:
- Öffentlicher Verkehr
- Verkehr und Siedlung
- Landschaft
- Abbau, Deponie, Transport
- Energie
- Agglomerationsthemen